martes, 10 de diciembre de 2013

Preparando las V Jornadas de Usuarios de R

Esta semana se celebran las V Jornadas de Usuarios de R organizadas por la Comunidad R-Hispano, asociación de usuarios de R que echó a andar oficialmente en noviembre de 2011, precisamente en el transcurso de las III Jornadas. Es una ocasión única para conocer qué se está haciendo en el mundo de R en España, y compartir un par de días con entusiastas de R.

En esta edición presentaré en conferencia plenaria el trabajo Mejora de la calidad con R: Aplicación de Seis Sigma y otros métodos estadísticos, donde muestro la relación entre Estadística y Calidad basada en tres pilares:
  • Metodologías para la calidad y técnicas estadísticas relacionadas
  • Herramientas disponibles en el software estadístico y lenguaje de programación R
  • Las normas internacionales ISO y su proceso de elaboración
Del resto del programa hay muchas cosas interesantes. Da gusto ver en las conferencias plenarias a amigos con los que estoy trabajando de una forma u otra. También tiene buena pinta la ponencia invitada Optimización Entera Mixta No Lineal (MINLP) con R y Pyomo: Un ejemplo práctico (Jorge Ayuso Rejas). Tengo pendiente implementar Pyomo en mi nuevo paquete optimr, todavía en pañales pero que ya estamos aplicando en el proyecto EnRiMa.

lunes, 23 de septiembre de 2013

Reconocer sintaxis GAMS en gedit (editor de textos Ubuntu)

Esto es lo que he hecho para que al abrir ficheros GAMS en mi editor de textos de Ubuntu me reconozca la sintaxis. La información principal la he tomado de aquí. Hay que crear un fichero gams.lang en una carpeta determinada. Para mi actual instalación de Ubuntu 13.04* es:

cd /usr/share/gtksourceview-3.0/language-specs
sudo touch gams.lang

Edito el fichero con gksudo gedit gams.lang, y le pego el código obtenido en el enlace anterior (el último de los posteados, no sé si hay algo por ahí más actualizado). Ahora puedo seleccionar la sintaxis GAMS en el editor de textos gedit. También lo hago para los .lst, útil para cazar fallos. La sintaxis se selecciona automáticamente, para añadir la extensión .lst simplemente se añade a la propiedad "globs" en el fichero xml, separando con punto y coma.



* Me funciona también para Ubuntu 13.10 y 15.04

Cómo utilizo mis bibliografias bibtex en Microsoft Word

Habitualmente trabajo con LaTeX en Linux en mi trabajo como investigador. En ocasiones tengo que utilizar otros formatos como Microsoft Word como requisito para ciertas publicaciones o informes. Me ha pasado recientemente y encontré la forma de utilizar la bibliografía que estoy utilizando en bibtex para mi tesis en un informe sobre mi participación en el programa YSSP de IIASA.
Para hacer la conversión tuve que instalar la librería bibutils, disponible en los repositorios de ubuntu:

sudo apt-get install bibutils

Una vez instalado, hay que convertir el fichero .bib en .xml que pueda ser importado en Word. Hay que hacerlo en dos pasos, ya que Word usa un formato no estándar de bibliografía en xml:

bib2xml BibTeX_file.bib > output_file.xml
xml2wordbib xml_file.xml > output_file.word.xml

Para usar el fichero output_file.word.xml vamos a Referencias/administrar fuentes y en el cuadro de dialogo seleccionamos el fichero con el botón Examinar. Una vez hecho esto en el cuadro de la izquierda nos aparecen nuestras referencias y podemos añadirlas a la bibliografía del documento en la parte derecha.


A ver si un día encuentro la forma de hacer algo parecido con las ecuaciones, que es lo que más me transtorna a la hora de usar Word.


sábado, 15 de junio de 2013

Importar datos de Excel en una línea

Para muchos usuarios de R, sobre todo en las primeras etapas de aprendizaje del entorno, una de las partes más duras es el manejo de los datos.

Muchos usuarios, por no decir todos, hemos utilizado Excel habitualmente para introducir los datos de nuestra investigación o estudio. A menudo es la forma más cómoda y fácil de introducir datos, y hacer los primeros cálculos, además de ser un entorno que casi todo el mundo conoce. Los usuarios acostumbrados a interfaces gráficas, a menudo descartan utilizar R por las dificultades que se encuentran en los primeros pasos de sus análisis (la creación de los conjuntos de datos).

La forma recomendada para importar datos de Excel a R, es guardar estos datos en un fichero CSV, y posteriormente importarlos desde R con el comando read.csv o read.csv2. Este procedimiento es válido para cualquier otro formato en el que tengamos los datos (SAS, SPSS, MINITAB, ...)

Par la importación directa de ficheros Excel en R, existen varias alternativas. El paquete RODBC permite hacerlo en Windows y Mac. El paquete gdata tiene una función específica (read.xls) pero es necesario tener instalado python. Esto implica que estas soluciones pueden funcionar en unos ordenadores pero no en otros.

Una alternativa es utilizar el paquete XLConnect. Está concebido para manipular ficheros excel desde R, con multitud de opciones. Pero también es posible utilizarlo para leer los datos de un fichero y guardarlos en un dataframe para utilizarlos en un solo paso en R. El comando:

data2<-readWorksheetFromFile("example1.xlsx",sheet=1)

Crea el dataset data2 con los datos de la primera hoja de cálculo del fichero example1.xlsx, en un solo paso y sin más complicación que tener el fichero excel en el directorio de trabajo (o escribir la ruta completa del mismo).

El único requisito es tener Java instalado, que está presente en todos los entornos. El paquete ha sido desarrollado por Mirai Solutions, y está disponible en CRAN.

domingo, 25 de noviembre de 2012

Presentación en la "nueva" Facultad de Estadística



Esta semana he tenido la oportunidad de hacer una presentación en la flamante Facultad de Estudios Estadísticos de la Universidad Complutense de Madrid. Lo de flamante, no porque sea un edificio nuevo ni mucho menos, sino porque desde el 16 de noviembre, oficialmente pasa de ser Escuela Universitaria a Facultad. Por cierto, por mucho que algunos se hayan empeñado en alargarle el nombre, supongo que al final todos la llamaremos Facultad de Estadística, para abreviar. Enhorabuena en todo caso a la Facultad y todos sus integrantes.


Esta presentación ha tenido para mí un significado especial por muchos motivos. En primer lugar, me encanta volver allí donde me formé como estadístico, sea cual sea el motivo. Especialmente después de haber sido uno de los primeros Graduados en Estadística Aplicada de España, gracias a la valentía, esfuerzo y mucho trabajo de los profesores y equipos directivos anterior y actual, que en primer año de aplicación del denostado proceso de Bolonia, implementaron el Grado en Estadística Aplicada en todos los cursos y el curso de adaptación para Diplomados en Estadística, asegurando así una rápida incorporación al nuevo sistema para todos los estudiantes (pasados, presentes y futuros) de la entonces Escuela Universitaria de Estadística. Además, iba invitado por María Villeta, profesora de la asignatura Metodología Seis Sigma para la Mejora de la Calidad, que me empeñé en elegir como optativa cuando en marzo del año 2010 me matriculé en el curso de adaptación al Grado para diplomados a pesar de las dificultades, que no vienen a cuento aquí. Algo me decía que la asignatura me iba a aportar mucho en el futuro, como así ha sido, y con el apoyo y ánimo de María se encendió la chispa de mi posterior "especialización" en el tema.


La Presentación

La presentación era sobre el libro Six Sigma with R,  publicado por Springer y del que soy coautor junto con Javier M. Moguerza y Andrés Redchuk, que tutorizaron mi Proyecto fin de Master en la Universidad Rey Juan Carlos, donde ahora trabajo como investigador mientras realizo el doctorado. Ya he hablado de mi interés en Six Sigma; sobre la segunda parte del título del libro (with R) más que interés es pasión. Desde que empecé a utilizar R y tras las primeras dificultades del autodidacta en R, lo fui dominando (o viceversa) y hoy en día hago todo lo que puedo con R (los R adictos sabemos que con R se puede hacer de todo, incluso encargar pizza).
En la charla, tras presentar a los autores y explicar la génesis del libro, traté de hacer un recorrido por los contenidos  con las citas  de diversos personajes con la que iniciamos cada capítulo, para después hacer algunas reflexiones sobre las oportunidades de lo que viene llamándose Data Science, y de R. Espero que gustara a la audiencia, a la que agradezco su asistencia. Entre los asistentes se encontraba otro de los "inspiradores" de mi trabajo, Mariano Prieto, profesor de la asignatura Calidad Seis Sigma en el Master Universitario en Ingeniería de Sistemas de Decisión. También había alumnos del grado, así como profesores de la Facultad, espero que todos disfrutaran. Me consta que un profesor entusiasta de R, al que le mando saludos y aliento, no pudo asistir a su pesar. Ojalá contemos con él en el próximo congreso internacional de R que se celebrará en España, y tenga la oportunidad de conocerle en persona.



lunes, 17 de septiembre de 2012

Paquetes XML y RCurl en Ubuntu

En mi última instalación de R en Ubuntu 12.04 LTS, al intentar instalar los paquetes XML y RCurl me he encontrado con problemas, que he solucionado de la siguiente forma:

Paquete XML

El problema era:

...
Cannot find xml2-config 
...

Solucionado con:

sudo apt-get install libxml2-dev 

Hay un paquete que se supone lo soluciona e instala, pero no me funcionó:

sudo apt-get install r-cran-xml 

Paquete RCurl

El problema era:

...
Cannot find curl-config 
...

Solucionado con:

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev 

lunes, 10 de septiembre de 2012

Más sobre librerías en R

Trans instalar una nueva versión de R, el primer paso debería ser decirle a R dónde instalar los nuevos paquetes. Yo lo hago así: en el directorio etc de la instalación de R, tenemos que editar el archivo Renviron.site. Aparecen ejemplos "parcheados" para Windows y Unix, en mi caso utilizo la siguiente (en Ubuntu):

R_LIBS=~/Programs/R/library

Así tengo todas las librerías centralizadas, y al cambiar de versión basta con actualizar las librerías con:

update.packages(checkBuilt = TRUE, ask = FALSE)